Jun Märkl est depuis longtemps connu pour ses interprétations du répertoire essentiel allemand, aussi bien symphonique que lyrique, et plus récemment pour ses explorations raffinés et idiomatiques des impressionnistes français. À partir de 2021, Märkl est le directeur musical de l’Orchestre philharmonique de Malaisie, conseiller artistique de l’Orchestre symphonique national de Taiwan et chef principal invité de l’Orchestre de la Résidence de la Haye.

Ses liens étroits de longue date avec les opéras de l'état de Vienne, Berlin, Munich et le Semperoper de Dresde ont été complémentés dans les années récentes par son poste de directeur musical à l'Orchestre National de Lyon (2005-11) et à l'Orchestre symphonique de Leipzig MDR (jusqu'en 2012), et de chef principal de l'Orchestre Symphonique d'Euskadi (2014-17). Il dirige régulièrement les grands orchestres du monde, parmi lesquels l' Orchestre symphonique de la Radiodiffusion bavaroise, l’Orchestre philharmonique de Munich, le Philharmonisches Staatsorchester Hamburg, l’Orchestre philharmonique d'Oslo, les orchestres de Cleveland , Boston, Chicago, Philadelphia, Montreal et Melbourne, l'Orchestre symphonique de la NHK, l'orchestre de la Tonhalle de Zürich et l’Orchestre de Paris.

Märkl dispose d’une discographie de plus de 50 enregistrements, dont l’intégrale des symphonies de Schumann avec l'Orchestre symphonique de la NHK, Mendelssohn et Wagner avec l'Orchestre symphonique du MDR, Ravel et Messiaen avec l'Orchestre National de Lyon, et une intégrale de Debussy avec l'Orchestre National de Lyon, qui a reçu des critiques éblouissantes. En reconnaissance de ses accomplissements à Lyon, la Ministère Française de la Culture lui a décerné la médaille de Chevalier de l'Ordre des Arts et des Lettres en 2012.

Fils d'un violoniste allemand et d'une pianiste japonaise, Märkl étudia le piano et le violon dans sa jeunesse. À partir de 1978, il continue ses études au Musikhochschule d'Hanovre, étudiant le violon, le piano et la direction d'orchestre. Plus tard, il étudie à l'Université du Michigan, notamment sous la direction de Gustav Meier. Il a aussi suivi les cours de Sergiu Celibidache. Lauréat en 1986 du Concours de direction d’orchestre du Conseil musical allemand, il a reçu l’année suivante une bourse de l’Orchestre Symphonique de Boston pour travailler avec Leonard Bernstein et Seiji Ozawa à l’académie de Tanglewood.