Karol Mossakowski a commencé à jouer du piano et de l'orgue avec son père à l'âge de trois ans. Après ses études musicales en Pologne avec Elżbieta Karolak et Jarosław Tarnawski, il a suivi des cours d'orgue, d'improvisation et de composition au Conservatoire de Paris en tant qu'élève d'Olivier Latry, Michel Bouvard, Thierry Escaich, Philippe Lefebvre et László Fassang.