Beethoven passait généralement l’été à Heiligenstadt, loin de Vienne et de son effervescence. Dans la Pastorale — sa symphonie n° 6 —, jamais la nature n’avait été au cœur d’un hommage aussi vibrant. Chaque mouvement s’accompagnait d’une description succincte de la finalité de la musique. Beethoven admettait toutefois que sa musique était l’expression des sentiments subjectifs qu’il éprouvait face à la beauté de la nature, et pas la véritable expression de la nature.
Dans cette symphonie en cinq mouvements, atypique pour son époque, Beethoven dépeint successivement l’éveil à la nature, le doux bruit d’un ruisseau, une joyeuse assemblée de paysans, un orage violent, et enfin l’Action de grâce des paysans qui expriment leur joie et reconnaissance au retour du beau temps.
À l'époque où Beethoven a composé la sixième symphonie, la musique d'illustration avait une histoire qui remontait à plusieurs siècles, les thèmes pastoraux étant particulièrement appréciés non seulement en musique, mais aussi en littérature et dans les arts visuels. Une partie de cette tradition était familière à Beethoven. Il y avait, par exemple, un ensemble de symphonies "caractéristiques". Les titres des mouvements que Beethoven a fournis dans la Pastorale ressemblent beaucoup à ceux du Portrait musical de la nature, écrit près de 25 ans plus tôt par le compositeur Justin Heinrich Knecht, longtemps oublié. On trouve des modèles plus immédiats dans les oratorios de Haydn, La Création (1798) et Les Saisons (1801), des pièces très populaires à Vienne à l'époque. Beethoven s'était opposé à certaines des illustrations musicales plus littérales de Haydn, ce qui peut expliquer en partie son ambivalence concernant sa propre représentation de la nature dans la sixième symphonie.
Beethoven est à l'étape la plus prolifique de sa carrière lorsqu'il écrit ces symphonies au cours de sa trentaine : Je ne vis que dans mes notes, et avec un travail à peine terminé, l'autre est déjà commencé ; la façon dont j'écris maintenant, je me retrouve souvent à travailler sur trois, quatre choses en même temps". Dès 1803, alors qu'il compose l'Eroica, il esquisse quelques idées qu'il utilisera plus tard dans la sixième symphonie. Au cours des années suivantes, la composition de la Pastorale a coïncidé avec celle des quatrième et cinquième symphonies, ainsi qu'avec d'autres projets majeurs tels que son opéra Fidelio. Le travail le plus intensif sur la cinquième symphonie a été réalisé en 1807 et s'est poursuivi l'année suivante, tandis que celui sur la sixième symphonie a suivi au printemps et en été.
Beethoven décide de créer les deux œuvres ensemble lors d'un célèbre concert qu'il présente le 22 décembre 1808 au Theater an der Wien.